Los jueces de control de garantías tienen como función esencial controlar que los actos de investigación desarrollados por la policía judicial, en cumplimiento de las órdenes emitidas por el fiscal, que implican limitaciones a los derechos fundamentales se ajusten a la Constitución y a la ley. Tal atribución se asignó por la norma superior (art. 250) a los jueces penales municipales y a los jueces promiscuos municipales, salvo las excepciones contenidas en la ley.

Los Jueces de Conocimiento deben verificar que el escrito de acusación que se presenta ante ellos, cumpla con las exigencias del artículo 337 de la Ley 906 de 2004, y procede cuando los resultados de la investigación permitan inferencia, en rango de probabilidad de verdad, respecto de la existencia del delito y de la autoría o participación. Con su presentación, se da inicio a la fase procesal del juicio. Además, resuelven sobre la procedibilidad de la preclusión de la investigación, cuando se verifique alguna de las causales previstas en el artículo 332 de la Ley 906 de 2004. Los jueces de conocimiento tienen el imperativo legal de dictar sentencia condenatoria solo cuando allá certeza más allá de toda duda razonable.

Con la implementación del sistema penal acusatorio se pretendió la disminución de la impunidad, la celeridad del acceso a la justicia, la incorporación de nuevos esquemas procesales, como: Acuerdos, preacuerdos y principio de oportunidad; La participación activa de la víctima, y la implementación del soporte tecnológico y de comunicación en todas las gestiones judiciales.